К первой группе причин дефицита кальция относят его низкую всасываемость в кишечнике, что связано с малой растворимостью большинства его солей, и дефицит витамина Д.

Ко второй группе относят состояния и заболевания, связанные с повышенной потребностью в кальции. Это, прежде всего, детский возраст и период беременности и кормления грудью, активные физические нагрузки, занятия спортом, состояния после травм, переломов и обширных операций, несбалансированное питание или соблюдение диеты, заболевания желудочно-кишечного тракта, сопровождающиеся нарушением питания (гастриты, дуодениты, язвенная болезнь, воспалительные заболевания кишечника), возрастные изменения в костях и суставах, период менопаузы у женщин, проживание в местности с повышенным уровнем радиации и пр.

К третьей группе относятся причины, обусловленные качественным составом пищи: несбалансированная диета с низким содержанием кальция, фосфора, магния и других микроэлементов, витаминная недостаточность, непереносимость молочных продуктов или их низкое потребление, избыток жиров и пищевых волокон в пище, злоупотребление кофеином и алкоголем, прием некоторых лекарственных средств (например, препаратов, понижающих кислотность желудочного сока).